感情が魔法のような力を持つ世界では、感情を奪う生命体(通称:ピエロ)が存在する。
ピエロの存在を忌み嫌った政府は、秘密裏に対ピエロ組織(通称:感情保護本部)を発足させた。
彼らが現れては消えて、戦っては倒してを繰り返すこと早数百年、一度は平和な世の中がやってきた。
しかし、再びピエロの活動が活発になった21世紀。解体されていた組織は、再び政府によって秘密裏に発足されることになる。発足されて間もない本部では、数少ない有識者の指導の元、不安定な活動を行っていた。
死と隣り合わせで戦う戦闘員(通称:エモナル)達は、知能型ピエロの出現をきっかけに大規模な合同作戦を強いられることになる。

彩波市の公立高校に通う記示透流(きじとおる)。
ある日のこと。透流は、路地裏に迷い込んでしまい、そこで謎の生命体「ピエロ」と遭遇する。
ピエロに襲われそうになった透流は、運良く「エモナル」と呼ばれる戦闘員に助けられる。
驚くことにそのエモナルは、同級生の
清根菜子(きよねなこ)だった。
透流はその後、菜子によって対ピエロ組織「感情保護本部」へ招かれた。
その組織は、政府によって秘密裏に結成されたものであり口止めをしなければいけない義務があるらしい。
提案されたのは、組織に入るか記憶を消すか。
透流は悩んだ末に組織に入ることを選び、「記録係」に任命されるのだった。

政府が秘密裏に結成させた組織「感情保護本部」。彼らの管理下にある戦闘員「エモナル」。
透流に最も近しいエモナルは、同級生の菜子と常磐俊輔(ときわしゅんすけ)の2人。
透流は暫く、彼らが所属する班である「彩波地区A班」に同行することが決まる。
記録係にすっかり慣れ始めた頃、パトロール中の菜子の携帯に一報が入る。何やらよからぬことが起きたらしい。
本部によって緊急招集がかかり向かった現場にて、そこでは「彩波地区B班」の面々がピエロとの戦いに苦戦を強いられていた。
改めて戦場にいることを突きつけられた透流。どうにか力になれないかと必死に考えた末、ピエロに対してあることに気がつく。
透流の指示が上手く通り、エモナルたちは形勢を立て直すことに成功。無事にピエロ討伐を終えたのだった。
記録係が入ってから初めての山場を乗り越えた一同。エモナルたちはこれを皮切りに、ピエロ撲滅の一歩を踏みしめるのであった。

「知能型ピエロ」の出現により、合同班を編成することになった感情保護本部。
班長が代表して話し合った結果、彩波地区A班は、「架鏡(かがみ)地区A班」と組むことに決まる。
彩波地区と架鏡地区のA班は、顔合わせの為に本部に集まった。
そこで透流は、記録係になる前に出会ったエモナル、猫宮恋(ねこみやれん)と再会する。
怯えながらも挨拶をしようとしたその時、それは恋本人によって遮られた。恋と菜子が過去に喧嘩別れをしていたらしく険悪な雰囲気になってしまったのだ。
訓練や話し合いによって「合同班A」内の仲は深まるものの、恋は顔合わせの日以来、全体に姿を現すことはなかった。
ある日の放課後、透流は恋から過去を聞く。
透流は2人の喧嘩がお互いの優しさからきたものだと知って、話し合う機会を設けようと提案するが、それに対して恋は首を横に振った。
わだかまりが残ったまま時は進み、再び知能型ピエロが現れる。
合同班Aは、知能型ピエロを倒す為に現場に赴く。
以前よりも安定して倒せるようになり、想定よりも苦戦せずに討伐は完了した。恋が普段よりも強い一撃を放ったことがピエロに効果的だったのかもしれない。
周囲の確認をして帰ろうとしたその時、何者かがエモナルに話しかける。
振り返った先にはローブを纏った少女が1人。少女は、無表情のまま誰かに向かってこう言った。
「感情は有限だよ」
結局、菜子と恋の溝が完全に埋まることはなかった。
しかし、2人がそれぞれ語る過去は明るいものも沢山あった。きっと近いうちに仲直りもできるはずだ。合同班Aの面々はそう思いながらも、度々喧嘩を始める2人にハラハラとするのだった。